Es el 3er Director General de ONUDI; el primer argentino y la persona más joven en la historia de la ONU en ganar una elección internacional para liderar una de sus Agencias Especializadas (1997-2001).

Mediante una profunda reforma restableció la credibilidad de ONUDI, que incrementó su presupuesto en un 60%. Fue reelecto (2001-2005), administrando un presupuesto total de U$ 1,4 billones.

Se enfocó en fortalecer la provisión de Bienes Públicos Globales tales como; a) capacidades productivas para reducción de la pobreza; b) formación de capacidades comerciales; c) energía limpia y ambiente; d) asociaciones público-privadas para crear empleo (con Ericsson, Fiat, etc) y e) capacidades para reconstrucción económica post-conflicto (en Afganistán, Iraq, Sudan y Uganda).

Reconociendo su trabajo, el 7mo SG, Kofi Annan, lo propuso al Directorio de Coordinación de Jefes Ejecutivos de la ONU (CEB) como 1er Chairman del Comité de Alto Nivel de Programas (HLCP). Sus colegas lo avalaron.

Antes de su llegada, en 1996, ONUDI estaba en crisis. Algunos reportes recomendaron cerrarla. Varios países se retiraron y otros evaluaban hacerlo.

La reforma estilo “big bang” de Magariños cambió esa tendencia reclutando nuevos países miembros. Auditores externos y evaluaciones independientes reconocieron sus resultados (Marco de Efectividad Multilateral – UK DFID 2005, p 11).